Не спешите думать, что он испортился. Я сам пару раз попадал в просак, думая, что накрылся MAX232 или что там у него за связь с компьютером отвечает... А оказалось, все гораздо проще!
STK500 перестает реагировать на команды компьютера в том случае, если у установленного в панельку микроконтроллера фьюзами включен встроенный AREF с внешним конденсатором, а в самом STK500 установлена при этом перемычка для ипользования внешнего AREF.
Снятие джампера AREF решает проблему - STK500 жив, и откликается на призывы компьютера!